为了确保大灾之后无大疫，必须持久开展救灾防病的健康教育，动员群众参与搞好环境卫生。
在灾民聚集点，选择合适地点，合理布局，因地制宜，就地取材，搭建应急临时厕所，要求做到粪池不渗漏（或用陶缸、塑料桶等作为粪池）。厕墙和顶可用草席、塑料膜、编织袋布或其他材料。有条件时可使用商品化的救灾临时厕所，该厕所为折叠式钢架结构，粪便用塑料袋收集，造价低，易运输，适用于灾区现场。
尽量利用现有的储粪设施来储存粪便，如无储粪设施，可将粪便与泥土混合后泥封堆存，或用塑料膜覆盖，四周挖排水沟以防雨水浸泡、冲刷。
在应急情况下，于适宜地稍高地点，可挖一圆形土坑，用防水塑料膜作为土池的衬里，把薄膜向坑沿延伸２０厘米，用土压住，粪便倒入池内储存，加盖密封，发酵处理。
在特殊困难情况下，为保护饮用水源，可采用较大容积的塑料桶、木桶等容器收集粪便，装满后加盖，送至指定地点暂存，待水灾过后运出处理。有条件时用机动粪车及时运走。
船上居民的粪便，应使用容器收集后送上岸集中处理，禁止倒入水中，以防止血吸虫等病传播。
集中治疗的传染病人粪便必须用专用容器收集，然后做特殊消毒处理。散居病人的粪便采用以下方法处理：
粪便与漂白粉的比为５：１，充分搅拌后，集中掩埋。
粪便内加入等量的石灰粉，搅拌后再集中掩埋。
